এই মসজিদটি বেশি একটা পুরানো আমলের নয়। আধুনিক কালে অর্থাৎ বিংশ শতাব্দীর শেষার্ধে কতিপয় দানবীর ব্যবসায়ীর সহযোগিতায় ঝিনাইদহতে এই মসজিদটি প্রতিষ্ঠিত হয়।
এই মসজিদের সংবিধান প্রণীত হয় ১৯৯১ সালে।

এই সংবিধানে লিখিত রয়েছে মসজিদের জানা অজানা ইতিহাস। এ সংবিধান থেকে জানা যায় ঝিনাইদহ জেলার হরিনাকুনাডু উপজেলার সুড়া গ্রামের ‘বর্তমান দৌলতপুর ইউনিয়নভুক্তু ‘ নিবাসী কায়েস আলী জোয়ার্দার ছিলেন একজন ধার্মিক ব্যক্তি, পেশায় ছিলেন ব্যবসায়ী। তিনি সর্বপ্রথম ১২৭৮ বঙ্গাব্দে (১৮৭১) সালে স্থানীয় মুসলমানদের জামাত করে ‘সালাত’ (নামাজ) পড়ার অসুবিধা অনুভব করেন এবং মসজিদ স্থাপন কল্পে ০২ ( দুই শতাংশ) জমি দান করেন। তখন ভারত বর্ষের ইংরেজ গভর্নর জেনারেল ছিলেন লর্ড মেয়ো। ইহা থেকে স্পষ্ট বুঝা যায় এ মসজিদটি নির্মিত হয় ব্রিটিশ শাসনমলে।সে হাসাবে ২০১৭ সাল ধরলে, আজ থেকে প্রায় ১৪৬ বছর পুর্বে মসজিদটি প্রতিষ্ঠিত হয়। তখন স্থানীয় মুসলমানদের উদ্যোগে ২ ( দুই শতক) জমির ওপর একটা খড়ের চালের মসজিদ স্থাপিত হয়। সে মসজিদটি ছিলো দো-চালা আকারের, দৈর্ঘে ছিলো ৩০ ফুট, প্রস্থে ১৫ ফুট, আর উচ্চতায় ছিল ১২ ফুট । যতদুর শোনা যায় মসজিদের এ খড়ের ঘর ছিল ১৯২০ সাল পর্যন্ত । ১৯২০ সালে ভারত বর্ষব্যাপী মুসলিম জাগরণ ঘটে, শুরু হয় খেলাফত আন্দোলন।

এই সময় থেকে এদেশে স্থাপিত হতে শুরু করে মসজিদ, মাদ্রাসা, ছাড়াও নানা ধরনের ধর্মীয় প্রতিষ্ঠান ও স্থাপনা। তারই ফলশ্রুতিতে ঝিনাইদহের ধনাঢ্য ও ধর্মপ্রান মুসলিম এগিয়ে আসেন এ মসজিদ সম্প্রসারনের কজে। ঝিনাইদহের ভুটিয়ারগাতি গ্রামের প্রসিদ্ধ জোয়ার্দার বংশের ধর্মপ্রান ব্যক্তি, জনাব কাইমদ্দিন জোয়ার্দার এ সময় এই মসজিদের নামে ১৪ শতাংশ জমি দান করেন। সম্ভবত ১৯২২ সালে বিভিন্ন ধনবান দানবীরের আর্থিক সাহায্যে মসজিদটির একটি পাকা ইমারত নির্মান করা হয়। মসজিদের সংবিধানে উল্লেখ আছে ১ম তলার ভিত্তি স্থাপন করেন ভুটিয়ারগাতি গ্রামের মরহুম আলহাজ্ব মো: হেরাজতুল্লা সাহেব। সে পাকা দালানটি পরিসরে ছোট হলেও এখনো মসজিদের মাঝে দৃষ্টি আকর্শন করে। এ পুরাতন নিদর্শনই আদি মসজিদ ভবনের সাক্ষ্য বহন করছে।

মুসলিম অধ্যুষিত পাকিস্তান রাষ্ট শুরু হয় ১৯৪৭ সালে। তখন এই মসজিদের মোতাওয়াল্লির দায়ীত্ব গ্রহন করেন এ্যাডভকেট জনাব তোয়াজউদ্দীন আহমেদ, তাঁর পচেষ্টায় ভুটিয়ারগাতির প্রথম জমিদাতা আলহাজ্ব কাইমদ্দিন জোয়ার্দারের সুযোগ্য দুই পুত্র মহিউদ্দিন জোয়ার্দার ও নেজামউদ্দিন জোয়ার্দার ১০ শতক জমি দান করেন মসজিদ উন্নয়নের কজে। এভাবে দানের ফলে মসজিদের মোট জমির পরিমান দাঁড়ায় ২৬ শতক । ১৯৬৬ সালে দ্বিতলের ভিত্তি প্রস্তর স্থাপন করেন ফুরফুরা শরীফের তৎকালীন বড় হুজুর কেবলা মৌ: শাহ সুফি আব্দুল হাই সিদ্দিকী আল কোরাইশী সাহেব। সেই সাথে নির্মিত হয় সুউচ্চ মিনার, অজুঘর ও মোয়াজ্জেমের থাকার ঘর ইত্যাদি। এভাবে আস্তে আস্তে শহরের ধনী ব্যবসায়ী দনাঢ্য ব্যক্তি ও সাধারন মানুষ মুক্ত হস্তে অর্থ দান করে আজকের এই মসজিদটিকে নবরুপে রুপান্তরিত করেছেন।দীর্ঘদিন যাবত এই মসজিদে ইমামতি করেন হুজুর হাতেম আলি মৌওলানা ।

ঝিনাইদহ কেন্দ্রীয় জামে মসজিদ পরিচালনার সংবিধান রচিত হয় ১৯৯১ সালে। ঝিনাইদহ কলাবাগানের মরহুম মোশাররফ হোসেন ( মাস্টার) এর সম্পাদনায় এই সংবিধান প্রথম প্রনীত হয়।